甲功五项和甲功九项的区别在于项目数量不同、检查内容不同、检测结果不同、适用人群不同、检测频率不同等。
1、项目数量不同：甲功五项包括甲状腺素（T4）、三碘甲状原氨素（T3）、促甲状腺激素（TSH）、游离三碘甲状腺原氨素（FT3）、游离甲状腺素（FT4），甲功九项包括总甲状腺素（TT4）、 游离甲状腺素（FT4）、三碘甲状腺原氨酸（TT3）、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）、 促甲状腺激素（TSH）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白（Tg）、 甲状腺球蛋白抗体（TgAb）、促甲状腺激素受体抗体（TRAb）。
2、检查内容不同：甲功五项主要用于甲状腺功能以及甲状腺疾病的诊断，甲功九项不但可以评估甲状腺功能，还可以帮助医生评估甲状腺疾病的严重程度。
3、检测结果不同：甲功五项指标少，检测结果时间短，而甲功九项指标多，可能需要更长的时间来完成检测。
4、适用人群不同：甲功五项适用于甲状腺疾病的筛查和诊断，甲功九项适用于已经出现甲状腺疾病症状或体征的人群。
5、检测频率不同：甲功五项通常建议每年检测一次，甲功九项就需要根据疾病的发生时间来决定检测的频率。
无论是进行哪种检查，都需要前往医院咨询医生，根据自身的情况来选择合适的检查方法。