滴环孢素滴眼液眼睛疼可能是药物不良反应引起，也可能是过敏、结膜炎、角膜炎、睑腺炎等原因引起，具体如下。
1、药物不良反应：该药物主要用于预防眼角膜移植术后的免疫排斥反应，部分患者用药后可出现眼部轻微刺激、睫毛脱落、结膜轻度充血等不良反应，通常属于正常情况，停药后可自行缓解。
2、过敏：如果对滴眼液中的某些成分过敏，使用后可引起过敏反应，导致患者出现眼睛刺痛、眼红、眼痒等症状。
3、结膜炎：免疫、外物刺激、感染等因素可导致结膜组织发生炎性反应，表现出眼睛发红、疼痛、结膜分泌物增多、眼睛灼热等症状。
4、角膜炎：自身免疫性疾病、感染、邻近组织炎症等因素可引起角膜组织炎性病变，使患者出现眼部刺痛、视力下降、眼部脓性分泌物等症状。
5、睑腺炎：主要由葡萄球菌感染引起，可引起外睑腺、内睑腺发生炎症病变，表现出眼睛红肿、发热、疼痛、视物不清等症状。
如果停药后疼痛持续，可能是其他原因引起，建议及时就医针对引起原因采取相应方法治疗。日常注意用眼卫生，不用手揉眼，同时也要避免过度用眼。