巧克力囊肿是否可以穿刺治疗应具体分析，较小的巧克力囊肿可以穿刺治疗，反之不可以。
巧克力囊肿是指异位子宫内膜在卵巢内生长形成的囊肿，囊肿里面的囊液一般比较粘稠，如果巧克力囊肿直径小于4cm， 可以在医生的指导下使用穿刺手术治疗，方法是在超声引导下进行穿刺抽出囊内液体。
如果巧克力囊肿直径大于或等于4cm，患者合并不孕，则推荐囊肿剔除术将巧克力囊肿彻底去除，因为较大的囊肿穿刺容易遗留囊内液体，还容易复发，可能会导致病灶散播引起盆腔粘连。
巧克力囊肿的患者需要积极前往医院就诊，以免影响身体健康，日常生活中需要避免吃辛辣刺激的食物，如辣椒、腌制菜等。