肠镜即肠镜检查，做肠镜检查会不会破坏肠道菌群平衡不能一概而论，如按规定在肠镜前使用泻药清理肠道，且操作时得当，一般不会破坏肠道菌群平衡，反之可能会破坏。
1、不会：肠镜检查是检查肠道疾病常用的方法，用于诊断结肠、直肠病变等多种问题。通常在肠镜检查前需遵医嘱使用泻药清除肠道内容物，如按规定用药，且检查期间操作得当，一般不会损伤肠道，也不会造成肠道菌群失衡。
2、会：若在肠镜检查前使用的泻药剂量过多，再加上操作时不得当，容易引起体内电解质紊乱，导致肠道黏膜破损，同时诱发肠道菌群失衡，出现腹泻、腹痛、恶心等不适感。
建议在肠镜检查期间配合医生的治疗工作，如检查后确诊疾病，及时就医处理，同时注意日常饮食调节。