打了HPV疫苗脖子上长小肉疙瘩一般与药物不良反应、药物过敏、感染、免疫力下降、合并湿疹、皮脂腺囊肿等原因有关，通常建议患者前往医院就诊，由专业医生通过详细检查，了解情况后给予相应的治疗措施。
1、药物不良反应：HPV疫苗属于生物制剂，通常在打完之后，有可能会出现药物不良反应，表现为皮肤出现红疹、小疱。若不伴随其他异常症状，可逐渐自行消退，做好局部卫生护理措施即可。
2、药物过敏：部分人群因对HPV疫苗过敏，通常在打HPV疫苗后有可能会发生过敏反应，出现皮疹、瘙痒等不适症状。必要时可遵医嘱选用氯雷他定片、依巴斯汀片等药物进行抗过敏治疗。
3、免疫力下降：部分人群在打HPV疫苗后，因疫苗刺激机体造成免疫力下降，可能会激发机体的某种变态反应，诱发皮肤出现小疙瘩。通过休息后可逐渐恢复。
4、湿疹：部分人群在打了hpv疫苗后因经常穿高领衣服，造成脖子部位受到摩擦刺激，可能会诱发湿疹，而表现为局部长了肉疙瘩，伴有瘙痒。通常需要遵医嘱选用丁酸氢化可的松乳膏、糠酸莫米松乳膏等药物涂抹于局部来改善。
5、皮脂腺囊肿：如果打HPV疫苗的基础上，没有做好脖子部位卫生护理措施，可能会造成局部皮脂腺孔发生堵塞形成皮脂腺囊肿，表现为局部有小疙瘩。若不伴随异常症状，无需特殊处理。
如果小疙瘩症状持续不能缓解，或者伴随其他异常现象，还需患者前往医院就诊，由专业医生诊治。