黄连上清丸和黄连解毒丸都是比较常见的中成药物，由于两种药物治疗的疾病不同，所以不存在哪个更好的说法。
黄连上清丸是由黄连、栀子（姜制）、连翘等中药材制成，具有清热通便、散风止痛等功效，主要是用于改善上焦内热引起的头晕脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮等症状。黄连解毒丸是由黄连、升麻、黄芩等中药制成，具有泻火、解毒、通便等功效，主要是用于治疗三焦积热所导致的口舌生疮、目赤头痛、便秘溲赤等症状。两种药物治疗的证型不同，可以根据自身情况选择合适的药物。
如果要服用药物，建议到医院进行检查，根据自身症状，在专业医生指导下选择合适自己的药物，不能盲目用药，以免药不对症，不利于疾病恢复。