藿香正气是一种中成药，主要用于解暑祛湿。孕妇吃藿香正气流产了可能是药物刺激导致，也可能是胎儿染色体异常、孕激素水平不足、营养不良、感染等原因引起，建议积极治疗。
1、药物刺激：药物中含有白术，在怀孕期间，尤其是处于胎动不安的情况下，不可以使用该药物。另外，药物中含有的生半夏具有神经毒性，怀孕期间服用该药物可能出现妊娠胚胎毒性，甚至导致胎儿畸形、流产等现象的发生。
2、胎儿染色体异常：胎儿染色体异常时会干扰胚胎的正常发育和功能，导致自然流产。
3、孕激素水平不足：孕激素在维持妊娠过程中起着重要作用，特别是在孕早期。如果体内孕激素水平不足，可能导致子宫内膜无法提供足够的支持，从而影响胚胎着床和生长，诱发流产。
4、营养不良：体内长期缺乏营养食物的摄入，可能导致体内缺乏维生素、矿物质、蛋白质等物质，对胚胎的正常发育造成影响，增加流产风险。
5、感染：怀孕期间孕妇的身体免疫力下降，容易受到细菌、病毒、寄生虫等病原体感染。如果病原体侵入子宫内膜和胚胎，引起感染并干扰胚胎的正常发育时，可能导致流产。
怀孕期间需要多休息，避免过度劳累。出现下腹部疼痛、阴道出血等流产现象时，需要及时到医院就诊，根据具体情况采取保胎治疗，或者药物流产、手术流产终止妊娠。