匹伐他汀和普伐他汀都是他汀类药物，主要用于降低血脂，但作用机制和用途略有不同，所以副作用也可能有差异，不存在绝对的哪一个副作用大。匹伐他汀可能会引起肝脏损害、肌肉损害、胃肠道反应等副作用，普伐他汀可能会出现过敏反应、肌肉损害、肝酶升高等副作用。
匹伐他汀在体内需要经过肝脏代谢，因此长期使用可能会对肝脏造成损害，甚至导致肝功能衰竭。还可能会引起肌肉酸痛、无力等症状，严重者可能导致横纹肌溶解症。此外，部分患者在使用匹伐他汀后可能会出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等症状。
部分患者在使用普伐他汀后可能会出现过敏反应，如皮疹、荨麻疹等症状。还可能会引起肌肉酸痛、无力等症状，但发生率较低。另外，部分患者在使用普伐他汀后可能会出现肝酶升高的情况，通常不会导致肝功能衰竭。
如果患者的肝脏功能较为脆弱，或者对匹伐他汀的副作用较为敏感，可以选择普伐他汀。如果患者的免疫系统较为敏感，或者对匹伐他汀的副作用可以耐受，可以选择匹伐他汀。在选择使用任何药物之前，应该先咨询医生的意见，以确保用药的安全和有效性。