做肠镜灌肠的步骤通常是：清理肠道、工具准备、保持合理体位、进行肠镜灌肠操作、排放液体。做肠镜灌肠一般不会出现明显疼痛。
1、清理肠道：做肠镜灌肠前一般需要将肠道内的粪便和杂质清理干净，能够保持肠镜视野清晰。
2、工具准备：需要准备灌肠器、橡皮管、灌肠液、纱布等工具。
3、保持合理体位：患者需要保持左侧卧位，有利于肠镜插入，方便液体流入肠道。
4、进行肠镜灌肠操作：先将橡皮管的一端连接灌肠器，另一端由肛门缓慢插入肠道中进行灌肠，帮助清洗肠道。灌肠液到达一定量后，将灌肠器取出。
5、排放液体：取出灌肠器，等肠道内气体和液体排出后，将橡皮管拔出。
做肠镜灌肠过程中通常会使用润滑剂，能够软化和润滑肠道，促进粪便排出，帮助肠镜顺利插入。插入时患者可能会感到轻微不适，但是不会表现出明显的疼痛症状，多数患者能够忍受。
肠镜灌肠后短时间内建议以流质食物为主，逐渐过渡到半流质食物，以免影响胃肠道恢复。恢复期间出现腹痛、腹泻等不适，要及时到医院就诊。