十二指肠镜适应证通常是疑有胆、胰腺和十二指肠病变或者患有胰腺、胆、十二指肠部位疾病的诊断，以及内镜下治疗者。十二指肠镜是用于诊断和治疗胆、胰腺和十二指肠疾病的内镜仪器
1、十二指肠疾病：十二指肠镜是利用侧视镜的方法，观察十二指肠乳头结构以及表面黏膜情况，可以帮助诊断十二指肠溃疡、息肉等疾病。疑似有十二指肠乳头或壶腹部炎症、肿瘤的人群，也可以选择该方法检查。如果十二指肠部位出现了息肉，对于较小的息肉，可以通过十二指肠镜术将息肉切除，达到治疗的作用。
2、胆或胰腺疾病：还可用于观察胆、胰腺等部位。如果疑似患有胆管结石、炎症、肿瘤等疾病或者疑似有胰腺炎、胰腺肿瘤、胰腺外伤等疾病，都可以在医生指导下选择十二指肠镜进行检查。胆或胰腺一些部位比较狭窄，需要通过工作通道插入造影导管，这时候可以在十二指肠镜的帮助下调整好器械的角度，准确的瞄准病灶，然后再进行插管或者进行其他治疗。
由于十二指肠镜的视野较小，容易遗漏部分病变，所以临床上通常不将其作为上消化道病变的常规检查。若检查以后出现了异常，也要积极配合医生治疗。