12岁男孩脸上起了密密麻麻的小疙瘩可能是过敏、痤疮、毛囊炎、湿疹、线状苔藓等原因引起，建议及时就医，明确原因后采取相应措施处理。
1、过敏：如果男孩对空气中的尘螨和花粉等物质过敏，接触后可能引起局部皮肤过敏反应，导致皮肤出现丘疹，可伴随瘙痒和红肿等症状。建议遵医嘱使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等药物改善。
2、痤疮：12岁男孩正处于青春发育期，皮脂腺分泌比较旺盛，如果堵塞毛孔可形成痤疮，表现为白头和黑头粉刺、脓疱等，可以每天用温水或中性肥皂洗脸，严重时在医生指导下使用维A酸乳膏、夫西地酸乳膏等药物缓解。
3、毛囊炎：是一种皮肤化脓性炎症，主要是致病微生物感染毛囊皮脂腺引起，可导致毛囊周围出现红色丘疹，伴随化脓和疼痛等症状。可经医生指导使用莫匹罗星软膏、头孢呋辛酯片等药物治疗。
4、湿疹：免疫功能异常、外界刺激等因素可导致皮肤表皮和真皮浅层发生炎症，使皮肤表面出现密集的小丘疹，通常伴随剧烈瘙痒。可遵医嘱使用盐酸苯海拉明片、糠酸莫米松乳膏等药物改善。
5、线状苔藓：是一种原因不明的炎症性皮肤病，好发于5-15岁儿童，可导致皮肤出现线条状排列的丘疹，表面覆盖有鳞屑，少数患者会出现瘙痒症状，具有自限性一般不需治疗，严重时可在生指导下使用复方醋酸地塞米松乳膏和地奈德乳膏等药物缓解。
恢复期间注意保持皮肤清洁，避免用手搔抓，以免感染影响皮肤恢复。