胃肠道间质瘤5.5cm是否是恶性的还要取决于核分裂象数。建议患者及时就医，由医生完善相关检查，明确具体性质，并采取针对性治疗方案。
胃肠道间质瘤是指一种胃肠道间源性肿瘤。临床上主要根据肿瘤体积的大小和分裂项来判断是否为恶性的。单从体积来讲，肠道间质瘤5.5cm危险程度为中等，恶变的概率比较高。但还需要结合核分裂象数进行分析，如果核分裂象数小于等于5，提示可能为良性的。但如果数值大于5，通常提示为恶性的。
日常生活中建议患者随时观察自身变化，并遵医嘱定期到医院复查，了解有无异常情况的出现。恢复期间，还要保持大便通畅。