胃肠道间质瘤停药是否有害并不能一概而论，如果是谨遵医嘱停药一般没有害。如果是擅自停药，有可能会有害。患病期间患者要定期到医院复查，由医生根据疾病控制情况决定后续的处理方案。
胃肠道间质瘤是一种胃肠道间叶源性肿瘤，引起病因尚不完全明确，通常认为与基因突变有关。如果是在医生指导下停止伊马替尼药物，一般是没有害的。因为该药物属于手术前辅助治疗，停药表明病情得到控制，有进行根治手术的机会。
如果是擅自停药，由于病情得不到有效的控制，因此可能会呈现为爆发性的生长，进而导致体内多个系统以及器官出现转移的情况，容易对身体健康以及生命造成威胁。
因此患病期间要严格遵照医嘱按时、按量服用相关药物。如果存在药物副作用，可以咨询医生，由医生根据实际情况来判断是否停药。