可通过体格检查、实验室检查、影像学检查、病理检查、基因检测等发现胃肠道间质瘤。胃肠道间质瘤的病因尚不明确，可能和基因突变有关，若怀疑有胃肠道间质瘤，可听从医生指导做相关检查明确诊断。
1、体格检查：胃肠道间质瘤可引起上腹压痛感，若肿瘤较大时，在相应部位可触及到包块。所以医生通过体格检查，可初步怀疑胃肠道间质瘤。
2、实验室检查：可做血常规、尿常规、便常规、肝肾功能检查等，来了解身体的具体情况，对于诊断胃肠道间质瘤也可起到辅助作用。
3、影像学检查：还可根据个人情况做腹部超声、CT检查、磁共振成像等检查，了解身体的情况，对于诊断胃肠道间质瘤也有重要意义。
4、病理检查：可通过活检穿刺或者是手术取得的病理组织进行病理诊断，确诊是否有胃肠道间质瘤。
5、基因检测：通过基因检测，可以了解肿瘤组织中基因突变的情况，因此在条件允许时可选择接受基因检测，有助于整体评估胃肠道间质瘤生物学行为。
通过做相关检查，有利于和其他疾病进行鉴别诊断，帮助判断身体具体情况，医生也会根据个人情况进行相应处理。