小儿慢性结肠炎如果临床症状比较轻微，通常能治愈，反之则不能治愈。因此发生此疾病时，还要及时到医院就诊处理，避免耽误疾病治疗。
小儿慢性结肠炎可能与感染因素、免疫因素、环境因素等有关，如果发病时症状轻微，仅表现为轻微腹痛、腹泻、恶心等，一般在医生指导下服用蒙脱石散、消旋山莨菪碱片等药物，修复消化道黏膜，减少肠道蠕动，缓解肠道痉挛现象，通常能得到有效治愈。
如果小儿慢性结肠炎临床症状比较严重，出现频繁腹泻、便秘腹泻交替发作、大便失禁等现象，甚至耽误了疾病治疗，可能会诱发急性肠穿孔、肠梗阻等现象，从而增加治愈的难度。
家长在此期间需调整小儿饮食结构，以清淡易消化食物为主，例如馒头、生菜、蔬菜粥等。