胃肠道间质瘤发病原因可能是遗传因素、长期接触有害物质、不良饮食、幽门螺杆菌感染、蛋白异常等引起。由于引起的原因比较多，建议患者及时到医院进行相关检查，明确引起的原因，并进行针对性治疗。
1、遗传因素：如果患者父母其中一方患有此病，患病的几率要比正常人几率高。
2、长期接触有害物质：如果患者长期接触有害物质，例如化学物品、放射线等，可能会对血小板、酪氨酸激酶基因等造成损伤，导致其基因突变，从而诱发疾病。
3、不良饮食：如果患者长期吃腌制食物，例如腌菜、腊肉等，由于此类食物需要长期存放，可能会产生有害的致癌剂，过多吃容易对胃肠道黏膜造成损伤，增加患病的几率。
4、幽门螺杆菌感染：其属于一种需氧细菌，具有极强的传染性，当其侵入胃肠道时，可能会大量滋生，从而引发慢性炎症，导致肠道环境发生改变，使肠道细胞异常增生及生长，此时患病的几率也是比较大的。
5、蛋白异常：当机体内蛋白大量生长时，容易导致胃间质梭形细胞、消化道上皮样细胞等异常增生，从而诱发胃肠道间质瘤。
患者在此期间做好保暖工作，避免着凉，同时积极配合医生进行相关治疗。