如果慢性结肠炎症状不严重，早期进行干预，有一定的几率可以自愈。如果引起组织损伤、症状持续存在、出现并发症等通常不可以自愈。建议积极就医诊治。
慢性结肠炎只是出现间断性或轻度腹泻、轻微腹部不适等现象，说明病情不严重，若积极减少食用辛辣刺激、生冷性食物，保持作息规律、积极运动等，可能会随着身体免疫力增强，逐渐改善或自愈。
若慢性结肠炎发病时间较长，引起肠道黏膜损伤，使腹泻、腹痛、腹胀、黏液脓血便等症状持续存在，或者已经引起肠梗阻、肠道狭窄等并发症，说明病情较重，由于自身修复功能较弱，不能改善肠道黏膜的炎症反应和损伤，通常不能自愈。需要及时就医服用甲泼尼龙片、醋酸泼尼松片、醋酸地塞米松片等药物进行抗感染治疗，改善病情。
建议患者积极复查，并密切观察病情变化，如果出现异常症状需要及时就医。也需要适当加强营养，积极运动，帮助提高身体抵抗力。