水剂青霉素和苄星青霉素的区别包括结构不同、半衰期不同、适应症不同、稳定性不同、抗菌谱不同等，一般需要前往医院，在医生指导下规范使用。
1、结构不同：这两种药物相比较，苄星青霉素主要是在水剂青霉素的侧链上引入二乙胺基来治疗疾病，因此两者的结构上会有所差异。
2、半衰期不同：水剂青霉素属于短效青霉素，半衰期一般在3小时左右。苄星青霉素为长效青霉素，肌肉注射后的浓度可以维持7天左右。
3、适应症不同：水剂青霉素主要用于治疗革兰氏阳性球菌和杆菌引起的各种感染，包括上呼吸道感染、破伤风、肺炎等。苄星青霉素主要用于治疗各期梅毒以及链球菌流行性疾病。
4、稳定性不同：水剂青霉素和苄星青霉素相比较，苄星青霉素能使β内酰胺环更加稳定。
5、抗菌谱不同：水剂青霉素属于一种窄谱抗生素的药物。苄星青霉素属于一种广谱抗生素的药物。
当机体受到感染症状时，不能私自盲目用药，需要在医生指导下选择合适的剂型、药物疗程，并定期监测治疗效果。