一般可在医生的指导下，通过肿瘤大小、核分裂象数、肿瘤原发部位等，将胃肠道间质瘤的危险程度分为极低、低、中等、高四个级别。
1、极低：若肿瘤小于或等于2cm，核分裂象数小于或者等于5/50HPF，无论肿瘤的原发部位在任何地方，通常提示胃肠道间质瘤的危险程度极低。
2、低：肿瘤在2.1~5.0cm之间，核分裂象数小于或者等于5/50HPF，任何部位的原发肿瘤，一般说明危险程度较低。
3、中等：胃肠道间质瘤肿瘤原发部位在任何部位，肿瘤小于2cm，核分裂象数核分裂象数在6~10/50HPF，说明疾病的危险程度在中等范围。另外，肿瘤5.1~10.0cm，核分裂象数小于或者等于5/50HPF，或者肿瘤大小在2.1~5cm之间，核分裂象数在6~10/50HPF，肿瘤原发部位在胃部，提示疾病处于中等的危险程度。
4、高：胃肠道间质瘤出现破裂，通常具有比较高的危险性。同时，原发肿瘤在任何部位，但是肿瘤体积大于10cm，或者核分裂象数小于10/50HPF，以及肿瘤体积大于5cm，核分裂象数大于5/50HP说明危险程度较高。此外，若胃肠道间质瘤不是胃部原发肿瘤，体积在2.1~5.0cm之间，核分裂象数大于5/50HPF，或者肿瘤大小在5.1~10.0/50HPF之间，核分裂象数小于或者等于5/50HP，也说明疾病危险程度较高。
建议保持饮食清淡、易消化，并养成作息规律、爱运动的好习惯，有助于增强身体抵抗力，促进疾病好转。