脚踝疼痛做普通CT与核磁共振的区别是成像原理不同、适用不同、检查时间不同、辐射暴露不同、对金属敏感性不同等，可根据个人情况，遵医嘱做相应检查，明确诊断。
1、成像原理不同：普通CT通常是使用X线来了解，适合做骨骼结构检查。磁共振成像通常是利用强磁场以及无线电波创建详细的软组织成效。
2、适用不同：普通CT适合做骨骼结构检查，比如骨折、关节脱位等。磁共振检查适合检查肌肉、韧带、脂肪等软组织。
3、检查时间不同：普通CT检查时间通常较短，一般在2-3分钟。磁共振成像的检查时间相对较长，可能在5-10分钟。
4、辐射暴露不同：普通CT通常会产生辐射，不适合孕妇或者是多次进行。核磁共振如果采取的是无线电波，一般没有辐射暴露的风险，相对比较安全。
5、对金属敏感性不同：普通CT对金属物体不太敏感，而在做磁共振检查时通常对金属比较敏感，需要检查者将身上的金属物去除。
在做过检查后医生也会根据检查单判断局部的情况，并根据个人情况采取相应治疗措施。另外，还应多休息，避免过多活动。