健身后肌酸激酶超过1000U/L，大多和骨骼肌损伤有关，但也不排除和病毒性心肌炎、冠状动脉粥样硬化性心肌病、爆发性心肌炎、急性心肌梗死等原因有关，需要在医生指导下进行相应的处理措施。
1、骨骼肌损伤：如果健身的时间比较长或运动的方式不当，可能会导致骨骼肌受损，受到骨骼肌细胞破坏的因素影响后，也会导致肌酸激酶含量增高的现象。若伴随明显的疼痛现象，可以进行冷敷缓解，24小时后可给予热敷。
2、病毒性心肌炎：当炎症介质累及心肌时，血液当中的肌酸激酶含量也会明显升高，还可引起胸闷、胸痛、心悸等症状。可以在医生指导下给予阿昔洛韦片、更昔洛韦胶囊等抗病毒类药物进行治疗。
3、冠状动脉粥样硬化性心脏病：受到冠状动脉狭窄以及冠状动脉痉挛等因素影响时，均有可能会导致心肌损伤，诱发肌酸激酶释放入血，产生数值偏高的现象。在平时还可产生胸痛、胸闷等症状，可以在医生指导下给予阿司匹林肠溶片、硝苯地平片等药物进行治疗。
4、爆发性心肌炎：爆发性心肌炎病情发展比较迅速，不仅会导致肌酸激酶的数值偏高，在急性期间病死率也可能会明显增高。可在专业医生指导下给予三磷酸腺苷二钠片、维生素C片等药物进行治疗。
5、急性心肌梗死：对于本身存在急性心肌梗死的人群，心肌细胞受到损伤后，可能会导致肌酸激酶释放入血，引起其数值偏高，容易产生乏力、心悸、气促等症状。可以在医生指导下使用富马酸比索洛尔片、酒石酸美托洛尔片等药物，减少心肌的耗氧量。
为明确具体的因素，建议前往医院进行相关检查，若由疾病因素所导致，需要配合医生及时进行有效治疗。