胃肠道间质瘤的发病原因有长期接触化学物质、病毒感染、放射性刺激、基因突变、遗传因素等。患者需要及时前往医院完善检查，然后再针对性进行处理。
1、长期接触化学物质：如果患者生活中长时间接触有毒的化学物质，例如苯、汞等，可能会对人体的健康造成一定的影响，使体内的致癌基因被激活，从而增加疾病的发生率。
2、病毒感染：可能是因为机体的免疫功能下降，感染病毒之后，导致病毒的基因嵌入到人体基因，造成机体的基因被异常激活，增加胃肠道间质瘤的发生。
3、放射性刺激：如果长时间照射放射线，也会对人体的基因产生一定的伤害，促使体内的基因被异常激活，增加病变的发生率。
4、基因突变：基因可决定或者是影响体内蛋白质的产生，若体内的c-kit基因突变、PDGFRA基因突变，也会使体内的肿瘤细胞持续性增殖，从而诱发病变。
5、遗传因素：如果家族当中的直系亲属患有该疾病受到遗传因素的影响，也可能会使体内的基因发生改变，容易增加疾病的发生率。
患者确诊后通常是给予手术治疗，手术结束后还要在医生的指导下给予靶向治疗，利用综合治疗能够消除体内的癌细胞，延长患者的生存期。