吃完避孕药40天没来月经，可能是药物影响、意外妊娠、盆腔炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤等原因引起，需要到医院完善相关检查，在医生的指导下对症处理。
1、药物影响：避孕药可能会导致体内激素水平发生变化，从而引起激素水平紊乱，可能会影响到正常的月经来潮，导致月经推迟。需要在医生的指导下停用药物减轻不良反应，可通过佩戴避孕套或宫内节育环进行避孕。
2、意外妊娠：避孕药并不能做到百分百的避孕，也可能会导致避孕失败出现意外妊娠，所以月经会停止。可到医院进行早孕测试，并在医生的指导下做好孕期的保健工作。
3、盆腔炎：可能是由细菌感染引起的盆腔炎症反应，典型症状为腹部疼痛、月经不调等。可在医生的指导下使用妇科千金片、头孢克肟片等药物进行调理。
4、子宫内膜炎：通常是由病原体侵入子宫内膜引起的炎症反应，主要表现为发热、腹部疼痛等，也会对月经造成影响，可能会导致月经推迟或者是提前。可遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星胶囊和甲硝唑片等药物治疗。
5、子宫肌瘤：是指子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，发病原因可能和遗传因素、激素水平异常等有关，可能导致阴道分泌物异常和下腹部不适，并伴随月经量增多、月经推迟等症状。无症状的患者一般无需做特殊治疗，但瘤体较大的患者需要考虑手术切除。
平时要注意个人卫生，避免发生不洁性行为，洗澡时建议选择淋浴的方式。