复合菌一般是指复合益生菌，复合益生菌和益生菌哪个好不能一概而论，两者均有不同的优缺点，需要根据自身的情况，在医生的指导下选择合适的益生菌。
复合益生菌是多种益生菌类型混合在一起，而益生菌通常只包含一种菌株，比如嗜酸杆菌或双歧杆菌。益生菌可以改善肠道微生态平衡，能够改善胃肠道功能紊乱，而复方益生菌除了有益生菌的作用之外，多种类型的益生菌还能起到增强肠道免疫力的作用。但是益生菌一般副作用比较小，而复方益生菌由于含有多种菌株，长期服用可能会引起腹胀、腹痛等不适症状。因此，并不存在哪种益生菌好，主要是根据患者具体的情况，在医生的指导下采取合适的益生菌进行调理。
在使用益生菌期间也要适量进行运动，饭后可以适当散步、骑单车等，有利于促进胃肠道蠕动，能够防止消化不良。