扁平疣和脂溢性角化病的鉴别诊断有原因不同、好发位置不同、症状不同、检查不同、治疗方式不同等。通常医生会根据所出现的症状以及检查结果进行鉴别诊断，并根据个人情况进行相应处理。
1、原因不同：扁平疣是人乳头瘤病毒感染引起。脂溢性角化病发病机制尚不明确，可能和皮肤老化、遗传因素、基因突变等原因有关。
2、好发位置不同：扁平疣好发于暴露部位，比如手臂。脂溢性角化病好发于面部、手部。
3、表现不同：扁平疣皮损通常会高于正常皮肤，从米粒至黄豆大小不同，通常是圆形或椭圆形的。脂溢性角化病可单发也可多发，通常呈褐色或者是黑色的丘疹斑片或斑块，表面粗糙，呈乳头瘤样。
4、检查不同：扁平疣可做组织病理学检查、人乳头瘤病毒DNA检测等明确身体情况。脂溢性角化病可做皮肤镜检查、活体组织检查等来了解。
5、治疗方式不同：扁平疣可在医生指导下外用或内服水杨酸软膏、西咪替丁片等药物，也可采取自体疣免疫疗法。脂溢性角化病可通过冷冻治疗、激光治疗等方式治疗。
在治疗的过程中，不仅需要遵医嘱，还要定期到医院做复查，有利于了解局部情况。