婴儿肛周囊肿形成原因尚不明确，但可能和先天发育、外伤、皮脂腺分泌旺盛、长期便秘、肛周皮肤感染等原因有关。需及时前往医院就诊，在医生帮助下做体格检查、直肠指诊、血常规检查等，来明确身体的具体情况。
1、先天发育：部分婴儿可能是肛周上皮组织先天发育异常造成的，可能是在胚胎时期，肛管和直肠交界处的原始肛门，因为闭锁不全或者是未能正常发育，导致肛门部位出现了异常结构，引起窦道、瘘管等，而诱发肛周囊肿。
2、外伤：正常情况下，皮肤覆盖于体表，从外至内依次为表皮、真皮、皮下层，但若肛周局部皮肤受到外伤以后，则可造成表皮碎片植入真皮当中，从而引起肛周囊肿。
3、皮脂腺分泌旺盛：皮脂腺分布在皮肤，且能够分泌皮脂，起到滋润皮肤以及毛发、防止皮肤干燥等作用。但若皮脂腺分泌功能异常，皮脂腺分泌旺盛时，也可因为肛周的皮脂腺管口闭塞、狭窄，而引起皮脂腺排泄受阻，从而形成肿瘤性囊肿。
4、长期便秘：如果婴儿有长期便秘的情况，也可因为大便干硬损伤肛周组织，而诱发肛周囊肿。
5、肛周皮肤感染：肛管内容易留存细菌、粪便，容易引起炎症，若波及肛腺造成其堵塞，也可诱发肛腺感染，当脓液、细菌、坏死组织等聚集以后，很容易诱发肛周囊肿。
平时应帮助婴儿养成良好的生活习惯，若皮脂腺分泌较为旺盛，需要做好局部卫生清洁工作。若有先天性发育畸形，应定期体检。