小儿病毒性脑炎的后遗症包括脑性低钠血症、智能障碍、语言功能障碍、肢体活动障碍、继发性癫痫等，小儿病毒性脑炎主要是因病毒感染引起中枢神经系统性疾病，对身体危害较大，所以一旦发现需要及时前往医院就诊处理。
1、脑性低钠血症：当疾病未及时给予控制时，会因为下丘脑或者神经垂体被累及而导致抗利尿激素异常分泌，进而引起水潴留，并且加重脑水肿，可遗留低钠血症、昏迷、全身软弱无力、四肢肌张力低下等症状。
2、智能障碍：比如智商能力下降，甚至有部分小儿的智商水平在婴儿时期。
3、语言功能障碍：表现为说话不流利、吐字不清楚，或者是不能理解别人所讲的话。
4、肢体活动障碍：主要表现为肢体活动不灵活，比如肌张力增高、偏瘫等。主要是因为脑神经和脑细胞受到了不可逆的损伤。
5、继发性癫痫：有部分小儿病毒性脑炎没有及时给予治疗，可能会因为病毒持续感染导致脑组织损伤，而遗留下继发性癫痫，可表现为突然意识丧失、肢体抽搐等一系列症状。
小儿病毒性脑炎是临床上较为常见的一种小儿脑炎类型，大多数疾病经过早期积极治疗是不容易留后遗症的，但如果较为严重，并且疾病没有给予及时控制，可能会遗留后遗症。无论哪种情况，都要积极配合医生治疗，并定期前往医院复查。