新生儿肛门闭锁可能是遗传、胚胎发育异常、妊娠期不良刺激、营养不良、病毒感染等原因造成的，建议尽早去医院查明原因，选择合适的方法进行治疗。
1、遗传：肛门闭锁可能存在遗传倾向，若直系亲属中有肛门闭锁病史，可能会增加新生儿患肛门闭锁的风险。
2、胚胎发育异常：在胚胎在早期时肛门发育出现障碍，未向内凹入形成肛管，导致胚胎发育异常，可能会导致新生儿在胚胎期间出现肛门闭锁的情况。
3、妊娠期不良刺激：若孕妇在妊娠期间，长时间接触过辐射或有毒化学物质等，不利于胎儿的生长发育，可能会影响肛门健康，出现闭锁现象。
4、营养不良：妊娠期间孕妇需保证充足的营养，如果饮食不规律，导致营养失衡，可能会增加新生儿肛门闭锁的患病风险。
5、病毒感染：如果孕妇在妊娠期间感染风疹病毒、巨细胞病毒等，并且治疗不及时，可能会阻碍胚胎的发育，甚至会增加肛门闭锁的风险。
新生儿肛门闭锁以手术治疗为主，可在医生指导下选择会阴肛门成形术、后矢状入路肛门直肠成形术等方法治疗，术后定期复诊检查，同时注意新生儿肛门及肛周部位的卫生。