抬头咽口水喉咙根部痛可能是饮食不当、急性喉炎、口腔溃疡、咽炎、扁桃体炎等原因引起，建议及时就医由专业医生视诊，明确引起原因后针对处理。
1、饮食不当：如果经常吃辛辣、刺激性食物，比如辣椒和火锅等，容易引起上火，从而使喉咙处的黏膜充血水肿，引发疼痛，抬头吞咽口水时由于喉咙肌肉收缩，会发生刺激性疼痛，建议清淡饮食，可以多喝温水缓解。
2、急性喉炎：如果平时经常用嗓说话，比如老师和售货员等，容易引发急性喉炎，表现为喉咙疼痛、声嘶和咽部异物感等，建议遵医嘱使用左氧氟沙星片、硫酸特布他林片等药物治疗。
3、口腔溃疡：化学性灼伤、冷热刺激等因素容易导致口腔黏膜出现局部缺损，发生在喉咙根部时，可导致该部位出现剧烈疼痛，可在医生指导下使用西瓜霜喷剂、硫酸庆大霉素片等药物治疗。
4、咽炎：如果细菌和病毒等致病微生物感染咽喉黏膜容易引发咽炎，从而使患者出现咽干、咽痛和咽痒等症状，可以遵医嘱使用清咽滴丸、利巴韦林颗粒等药物改善。
5、扁桃体炎：感染和邻近器官炎症蔓延等因素可导致腭扁桃体发生急性炎症，从而使患者出现咽痛、头痛和发热等症状，建议经医生指导使用阿莫西林胶囊和猴耳环消炎颗粒等药物缓解。
喉咙疼痛期间建议吃一些细软和容易消化的食物，比如小米粥和山药粥等，可以为身体提供营养，同时又不容易刺激喉咙。