怀孕是指妊娠，巧克力囊肿会影响妊娠主要是因为发病过程中可能会出现炎症刺激、输卵管粘连、排卵障碍、内分泌紊乱、黄体分泌不足等。巧克力囊肿一般与免疫功能低下、经血逆流等有关，建议及时到当地正规医院就诊，配合医生完善相关检查，必要时采取进一步治疗。
1、炎症刺激：发病过程中盆腔内可能会滋生大量的炎症因子，从而导致子宫内膜异位增生，影响子宫的正常结构，使受精卵不能成功着床。
2、输卵管粘连：发病过程中因为囊肿的形成，可能会导致输卵管粘连或者发生堵塞，影响受精卵着床。
3、排卵障碍：发病过程中可能会影响卵巢的正常功能，导致卵子数量减少或者出现排卵障碍，从而减少妊娠的几率。
4、内分泌紊乱：发病过程中可能会导致月经异常，出现经期延长、月经淋漓不尽等，导致内分泌紊乱，影响正常排卵和受精卵着床。
5、黄体分泌不足：当患者出现排卵障碍或者内分泌紊乱时，可能会导致黄体分泌不足，使受精卵不能正常发育，出现不孕或者流产的现象。
女性在此期间应注意局部卫生，勤换内裤，同时使用温水坐浴或者热敷的方法，促使局部血液循环，还要积极配合医生进行治疗。