如果按照医生要求使用纳豆红曲，通常对肾没有副作用，但若私自使用或者是大量使用，可能会对肾有副作用。虽然吃纳豆红曲对身体有好处，但对于身体有异常表现者，并不建议单纯通过纳豆红曲进行调理，还应前往医院就诊。
纳豆红曲有片剂、胶囊剂，如果按照医生要求使用，可以辅助调节血脂，预防脑血管血栓，以及冠状动脉粥样硬化。由于其主要原料是纳豆以及曲红，通常不会对肾脏产生不良副作用。
由于纳豆红曲也需要通过肾脏进行代谢，如果大量吃或者是过于频繁吃，也有可能会对肾脏产生负担，从而引起肾脏损伤。
虽然纳豆红曲对人体的机能有着一定调节作用，但其并不能够替代药物使用。