宝宝三岁了睡觉时总是啃大拇指，多考虑是不良生活习惯、缺乏安全感引起的，也可能是身体缺钙、焦虑症、小儿抽动秽语综合征等疾病导致的，建议及时去医院查明原因，并进行针对性治疗。
1、不良生活习惯：如果宝宝经常存在啃大拇指的情况，父母并没有及时纠正，可能会养成习惯，一般不会存在其他不适。建议及时纠正不良习惯，啃指甲时及时打断。
2、缺乏安全感：若是三岁宝宝缺乏安全感，容易出现上述情况，还可能会伴随睡眠不安现象。建议家长多安抚宝宝，给予安全感，一定程度上可以改善症状。
3、身体缺钙：如果平时经常挑食或偏食，可能会导致体内钙摄入不足，容易出现啃咬指甲、注意力不集中等情况。患者可遵医嘱口服乳酸钙片、葡萄糖酸钙片、碳酸钙片等药物进行治疗，可以为身体补充所需要的钙。
4、焦虑症：是指日常情况下，出现强烈过度和持续的担忧和恐惧，容易出现睡眠不安、啃咬指甲、身体出汗、呼吸加快等现象。患者可以通过认知行为治疗，传递积极情绪，改善症状，也可遵医嘱口服劳拉西泮片、地西泮片、盐酸舍曲林片等药物进行治疗，控制病情发展。
5、小儿抽动秽语综合征：该疾病具有一定家族聚集性，如果父母存在此疾病，可能会加大子女患病的概率，临床主要表现为身体多个部位运动型抽动、频繁啃指甲等情况。患者可遵医嘱口服利培酮片、氟哌啶醇片、盐酸硫必利片等药物进行改善，缓解身体不适。
在平时生活中，要注意观察身体变化，定期去医院复查，有利于身体恢复。