巧囊是指巧克力囊肿，巧克力囊肿术后三个月小腹偶尔疼可能是伤口没有愈合、腹部受凉、瘢痕卡压、盆腔炎、病情复发等原因引起的，建议患者及时去医院就医，才能够明确具体原因，然后由专业医生制定治疗方案。
1、伤口没有愈合：患者在手术之后，如果对伤口护理方式不到位，一旦出现感染之后，伤口没有愈合，通常会伴随局部疼痛，建议在医生指导下使用阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒、阿奇霉素分散片等药物治疗，具有消炎作用。
2、腹部受凉：没有注意腹部防寒保暖措施，受到寒冷空气刺激之后，会导致局部血管收缩，引起小腹部偶尔疼痛，需要通过局部保暖进行改善。
3、瘢痕卡压：在做完手术之后，伤口局部会产生瘢痕，如果瘢痕出现增生，对组织造成压迫，可能会出现小腹偶尔疼现象，建议去医院通过激光治疗，能够减轻局部瘢痕。
4、盆腔炎：在做巧克力囊肿手术时，如果手术操作不当容易使盆腔局部出现细菌感染，可能会伴随小腹部疼痛以及阴道分泌增多等症状，建议遵医嘱使用甲硝唑片、头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊等药物治疗，具有消炎作用。
5、病情复发：巧克力囊肿虽然属于良性病变，但是容易产生复发现象，一旦复发后也会引起上述表现，建议患者及时去医院，通过腹部彩超检查判断，确诊复发后，严重者应及时通过微创手术切除。
患者在治疗过程当中需要注意休息，尽量不要经常熬夜，还要保持饮食清淡，选择吃蔬菜粥、南瓜粥等食物。