HPV16、HPV68阳性是指感染了人乳头瘤病毒16型和18型，通常没有人乳头瘤病毒16型、68型最佳治疗方案的说法，但可以根据临床症状通过定期监测、预防性疫苗、外用药物、物理治疗、手术治疗等方法进行处理，具体的处理方法建议到医院完善相关检查，结合患者临床表现，由专业医生制定个体化治疗措施。
1、定期监测：感染人乳头瘤病毒并不是每个患者都会存在临床症状，而且感染之后有一定的自愈性。如果没有临床表现，一般不需要做特殊治疗，但要定期到医院进行复查。
2、预防性疫苗：对于无临床症状的患者，也可以在医生的指导下考虑接种预防性人乳头瘤病毒疫苗，不仅可以增加额外的保护，而且能够降低感染其他类型人乳头瘤病毒的风险。
3、外用药物：比如感染了面部、手背等部位，可能会出现寻常疣，表现为大小不一的丘疹，通常无自觉症状。但可在医生指导下使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物涂抹。
4、物理治疗：如果外用药物治疗效果不佳，必要时可在医生的指导下考虑物理治疗，比如电灼、激光、冷冻等。
5、手术治疗：如果已经被确诊为宫颈癌，建议在医生的指导下尽早通过手术切除肿瘤组织，手术后可遵医嘱辅以放化疗进行综合治疗，目的是预防肿瘤复发。
患者在治疗期间要做好和他人隔离工作，避免发生性行为。