三岁小孩如果偶尔做一次脑CT一般不会有什么影响，但是如果长时间做可能会导致辐射损伤、皮肤过敏、免疫系统受损、血液系统受损、脑部功能受损等影响。建议做检查时到正规医院由专业医生操作，避免频繁进行脑CT检查。
1、辐射损伤：通常脑CT检查时会产生一定的辐射，如果频繁操作可能会导致辐射在体内积聚，引起恶心、身体乏力等症状。
2、皮肤过敏：如果是易过敏体质的人群，可能会对检查时使用的药物过敏引起过敏反应，出现皮肤红肿、瘙痒等症状。
3、免疫系统受损：同时短期内反复进行脑CT还可能会影响免疫系统，导致身体免疫力下降，可能会诱发儿童白血病、肿瘤性疾病。
4、血液系统受损：可能会对小孩的血液系统造成影响，出现白细胞减少、血小板减少等表现，容易诱发再生障碍性贫血。
5、脑部功能受损：频繁做脑CT会导致脑部细胞受损，出现头晕、头痛等症状。
建议平时养成良好的生活习惯，多喝水，加速身体的新陈代谢。检查过程中出现任何不适，建议及时就医。