三岁小孩头上长脓包，处理的方法取决于具体的原因，比如外伤、蚊虫叮咬、毛囊炎、皮脂腺囊肿、痤疮等，建议家长带小孩到医院就诊，根据相关检查明确具体的原因后对症处理。
1、外伤：如果小孩头部不小心被挤压磕碰，可能引起局部起包，伴随红肿、疼痛等，24小时之内可以对局部进行冰敷，并在医生的指导下配合阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等药物治疗。
2、蚊虫叮咬：如果没有做好防蚊虫措施，小孩头上可能会被蚊虫叮咬，出现脓包、红肿、瘙痒等症状。可以遵医嘱使用风油精或清凉油涂抹，同时也要做好防蚊虫措施。
3、毛囊炎：通常是金黄色葡萄球菌感染引起的毛囊炎症，可导致额头出现红色丘疹或丘脓疱疹，并伴随疼痛或瘙痒感。可在医生指导下使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物涂抹。
4、皮脂腺囊肿：可能是毛囊皮脂腺口堵塞逐渐积聚形成囊肿，好发于头面、背、臀等部位，局部可能有红肿、波动感。可在医生指导下使用甲硝唑凝胶、氧氟沙星凝胶等药物涂抹。
5、痤疮：可能是皮脂腺大量分泌、免疫因素等原因引起，主要发生在面部和背部，以粉刺、丘疹、脓疱等为特征。可在医生指导下使用复方多粘菌素B软膏、克林霉素凝胶等药物涂抹。
平时要做好小孩的皮肤护理，每天用温水清洁皮肤，饮食注意清淡，同时也要多喝温水。