疱疹性口腔炎与疱疹性咽峡炎的区别是疾病类型不同、病变范围不同、症状不同、病因不同、病程不同等，应及时到医院就诊，根据不同的原因选择合适的治疗，不能够盲目的使用药物。
1、疾病类型不同：疱疹性口腔炎是一种口腔黏膜感染性疾病，疱疹性咽峡炎是一种急性上呼吸道感染性疾病。
2、病变范围不同：疱疹性口腔炎通常会导致口腔黏膜受到损伤，包括舌的表面或者是口唇上，疱疹性咽峡炎通常是局限在咽峡部位，包括舌体后段或者腭舌弓等。
3、症状不同：疱疹性口腔炎通常会出现唇内或者口腔、舌头表面溃疡，还会伴随着分泌物增多和水疱，疱疹性咽峡炎通常会出现咽峡部位充血和水肿，还会伴随着腋下淋巴结肿大、悬雍垂水肿等。
4、病因不同：疱疹性口腔炎通常是单纯疱疹病毒感染所引起的，疱疹性咽峡炎可能是感染柯萨奇病毒A型、肠道病毒71型等病原体所导致的。
5、病程不同：疱疹性口腔炎一般在一周到两周可以逐渐的恢复，相对来说比较轻，疱疹性咽峡炎的病情相对来说比较严重，恢复的时间比较长。
患者在发病之后需要配合医生做相关的检查和治疗，同时还需要多注意休息，要注意劳逸结合。