眼睛一般是会感染真菌的。如果眼睛部位出现不舒服症状，要及时到医院完善相关检查，由医生判断病情严重程度之后给予合适的治疗方法。
真菌属于一种条件致病菌，正常人的眼睛在接触到真菌时通常是不会发生感染的，因为眼部的免疫系统也会迅速清除真菌，降低感染几率。但如果机体的免疫功能下降，眼部接触到真菌时无法及时清除，可能会使真菌在眼睛的内部繁殖，促使周围的组织发生炎症反应，出现眼睛疼痛、红肿、畏光、流泪、视物下降等一系列不适症状，因此眼睛部位也会感染真菌。
建议平时要做好眼睛部位的防护措施，尽量不要用手经常揉搓眼睛，降低眼睛感染的发生概率。如果眼睛不慎感染真菌，应在医生的指导下使用那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液等药物治疗。