临床上并不存在肛门指检最深处是什么位置这种说法。肛门指检一般是指直肠指检，该检查方法主要是从肛门进入直肠来观察有无异常情况，具体的位置就是直肠，通常需要患者前往医院，由专业医生进行该项检查来了解是否存在相关病变。
直肠指检主要是使用食指，由肛门伸入直肠的检查方法。通常情况下，检查者需要戴手套或者指套，使用适量的润滑油，先轻轻按摩肛门口部位，等待局部括约肌松弛之后，再将探查手指慢慢插入肛门，触摸到的位置主要为直肠壁。属于一种简单、经济、实用的检查方法，对早期发现肛管、直肠病变有重大的意义。
但单纯的该项检查只能初步判断病情，并不能完全确诊，通常还需要患者结合其他相关检查综合评估、诊断。