甲硝唑栓和奥硝唑栓无法确定哪个效果好，因为两种药物的适应症不同。患者在选择药物前可以前往医院详细咨询医生。
甲硝唑栓属于抗阿米巴药物，临床中主要治疗细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等，主要是阻碍细菌或滴虫在体内代谢，从而达到治疗疾病的目的。而奥硝唑栓可用于治疗滴虫性阴道炎，使用后通过其分子的硝基与细胞成分产生相互作用，从而导致病原微生物死亡。患者出现以上药物的适应症后，只有针对性的处理才可以达到理想的治疗效果，因此无法判断哪个药物效果更好。
两种药物都属于阴道栓剂，使用前需要将双手清洗干净，并且佩戴一次性手套。