不存在吃益生元的最佳时间这种说法，通常在饭前、饭后都能吃。但若在服用期间出现了腹痛、腹胀等不适反应，应及时到医院就诊，在医生指导下进行治疗。
益生元属于膳食补充剂，在临床中主要能够起到加速脂肪代谢，提高机体免疫力，促进肠道菌群生长、繁殖的作用，但在服用时并没有规定具体时间，饭前、饭后均能够吃。比如饭前吃有利于益生菌与肠道菌群充分接触，充分发挥药物效果，饭后吃则因胃内有食物，更有利于药物吸收，所以选择对自身更加方便的时间即可。
虽然吃益生元时没有时间要求，但一定要注意避免自行调整用药，使用时还要注意水温，水温过热可能会对益生元的效果造成影响。