疱疹性咽峡炎头疼一般不是脑炎。如果出现了疱疹性咽峡炎或脑炎的相关症状，建议及时就医检查，并遵医嘱进行对症治疗。
疱疹性咽峡炎是一种由肠道病毒引起的急性上呼吸道感染性疾病，常出现的症状包括发热、咽痛、咳嗽等。而头疼作为疱疹性咽峡炎的一个可能症状，通常是由于发热引起的体温调节中枢异常所导致，与脑炎的直接关联性不大。需要注意的是，若疱疹性咽峡炎的病情加重，则有可能会发展为脑炎。因此，对于患有疱疹性咽峡炎的患者，应密切观察其症状变化，一旦出现高热、颈部僵硬等脑炎的典型症状，应立即就医。
在日常生活中应注意休息，避免过度劳累，增强免疫力。同时，要注意个人卫生，避免与病毒携带者接触，以减少感染风险。如有任何不适，应及时就医。