小儿半夜咳嗽不止需要针对病因治疗，比如烟雾刺激、过敏性鼻炎、胃食管反流、支气管哮喘、肺结核等原因引起的，可以通过一般治疗、药物治疗，需要到正规医院进行相关检查，明确病因，遵从医生指导治疗。
1、烟雾刺激：若是室内环境卫生不良，受到烟雾刺激，有可能会导致小儿半夜咳嗽不止，需要注意室内空气清新，勤开窗通风。
2、过敏性鼻炎：可能是接触过敏原刺激引起的，会导致小儿发生过敏反应，伴随阵发性咳嗽、流鼻涕、打喷嚏等症状。可根据医生指导使用氯雷他定糖浆、盐酸西替利嗪口服溶液等药物治疗，具有抗过敏作用。
3、胃食管反流：通常是胃内容物反流所致，会引起食管、以上部位引发不适，伴随烧心、反流、半夜咳嗽等症状。可以根据医生指导使用多潘立酮混悬液、硫糖铝口服混悬液等药物治疗，能够达到抑酸作用。
4、支气管哮喘：可能是遗传、环境原因引起的，会出现反复发作的喘息、气急、胸闷、咳嗽等症状。需要遵从医生指导使用硫酸沙丁胺醇气雾剂剂、吸入用布地奈德混悬液等药物治疗，能够改善咳嗽。
5、肺结核：可能是结核分枝杆菌感染引起的，会出现咳嗽、咳痰、低热、盗汗等不良症状。需要遵从医生指导使用利福平片、盐酸乙胺丁醇片等药物治疗，具有抗结核作用。
日常保持室内温度适中，避免过冷、过热，需要适当吃些蔬菜和水果，比如胡萝卜、香蕉、猕猴桃等。