龟鹿补肾丸与杞菊地黄丸对PPARγ Pro12Ala不同基因型患者的身体虚弱改善效果存在差异，差异核心与患者携带的PPARγ Pro12Ala等位基因类型相关。
1. Ala等位基因携带者（代谢活跃型）：PPARγ Pro12Ala是影响脂肪代谢的关键基因位点，携带Ala等位基因的患者脂肪代谢相对活跃。龟鹿补肾丸具有补肾阳、益气血的作用，在该基因型患者中，其改善肾阳虚所致身体虚弱（如精神不振、畏寒肢冷等）的效果优于杞菊地黄丸。
2. Pro/Pro型患者（纯合子型）：PPARγ Pro12Ala基因纯合子（Pro/Pro型）患者脂肪代谢特征与Ala携带者不同。此类患者中，两种药物改善身体虚弱的整体效果相近，但杞菊地黄丸具有滋肾养肝的功效，对伴随的眼干症状改善更明显。
两种药物对不同基因型患者的身体虚弱改善存在针对性差异，选择需结合基因类型与具体症状。必须遵医嘱，用药前咨询医生或药师，不可自行用药。