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肾小管肾炎的预后主要根据病理类型以及治疗的时机早晚有很大的关联性。如果是急性肾小管肾炎,如果通过正规的治疗并且去除病因,这种情况预后的效果会比较好。但是慢性肾小管肾炎病理变化主要是以肾脏间质出现纤维肾小管萎缩为主要特点,这种疾病往往缓慢发展,但是最终会导致肾脏功能的衰竭。所以治疗的预后会比较差,如果出现了肾脏功能衰竭的终末期,也就是尿毒症期。这种情况就需要进行透析治疗或者肾脏移植手术治疗。肾小管肾炎的治疗主要是根据祛除病因为为主,越早治疗效果越好,越晚治疗,效果越差。