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治疗幽门螺旋杆菌的药物,是会导致患者出现大便的颜色发黑,一般在明确患者有幽门螺旋杆菌感染的情况下,是需要及时的给予抗菌药物,如阿莫西林,克拉霉素,以及甲硝唑等药物来治疗的同时,还需要患者服用质子泵抑制剂,如奥美拉唑,或者是埃索美拉唑,来抑制胃酸,保护胃黏膜治疗,另外还需要患者口服枸橼酸铋钾等一些药物,可以在胃酸增多的情况下,形成胶体状的改变,从而保护患者的胃黏膜,免受胃酸或者是幽门螺旋杆菌的侵害,但是幽门螺旋杆菌,治疗时所用的枸橼酸铋钾,在服用以后容易导致大便的颜色发黑。